Hallo!
Also die Fagius-Aufnahmen habe ich auch und ich finde sie als eine sehr gute Box.
Es gab ja nun schon eine Menge Tipps und Tricks, was man hören könnte und offensuchtlich hast du ja schon orentlich reingeschnuppert. Daher Entschuldigung falls ich Dinge wiederhole bzw schon bekanntes/gehörtes anführe:
Fangen wir mal feien Werken an.
Ein Hauptproblem für den Hörneuling was Orgelmusik betrifft ist häufig der orgeltypische "schwere", massige Klang, mit dem man minutenlag "zugedröhnt" wird. Daher erst mal eine paar Möglichkeiten, sich an den Klang zu "gewöhnen":
Die Concerto-Bearbeitungen:
Bach transkribierte mehrere Concerti-grossi von Vivaldi und anderen für Cembalo bzw. Orgel. Da Du ja als Klassikliebhaber in der Orchesterwelt "bekannte Terrain" hast, ist dies sicher eine kurzweilige Möglichkeit des Orgel-Einstiegs. Und wer weiß, vielleicht hast Du (oder jemand in Deinem Bekanntenkreis) die Originalkonzerte in seiner Sammlung. Da bietet sich ein Hörvergleich doch an 
Die Triosonaten
Diese sind nun von Bach genuin für die Orgel (bzw. Pedalcembalo) geschrieben. Von der Struktur her (wie der Titel schon sagt) Triosonaten, wie man sie auch in diversen Kammermusik-Ensembles darstellen könnte (gibt es sogar als Aufnahmen). Wie schon Zeitgenossen Bachs schrieben, mit das schönste, was er für Orgel schrieb (ud mit das schwerste). Ein weiterer Vorteil: Hier kommen dezentere Klangfarben der Orgel zur Geltung, ideal wenn man genug von dem "Gedröhne" hat 
Gehen wir mal einen Schritt weiter zu "richtigen" Orgelwerken:
Die Toccaten (und Fugen):
- die d-Moll-Toccata (BWV 565)
Gut, da muss ich nicht viel sagen, oder?
Den Orgelfreaks hängt sie irgendwie zum Hals raus, reisst aber doch jeden mit. Von daher isses egal, ob sie von bach ist oder nicht *g*
- C-Dur-Toccata BWV 564
Ein guter Übergang von den konzert-inspirierten Orgelwerken: bach übernimmt den dreiteiligen Concerto-Aufbau (schnell-langsam-schnell) auf die Orgel und macht dabei eine europäische Musikreise: eine norddeutsche Toccata, voller Virtuosität (am Anfang sind erst mal solo schnelle Finger und schnelle Füsse gefragt, dann beide zusammen), dann eine wunderschönes Adagaio (à la italienne) und in der abschließenden heiteren Fuge fühlt sich dann Bach wie daheim ;).
- F-Dur-Toccata (BWV 540)
Ein weitläufiges virtuoses Werk, das wiederum die Virtuosität des Organisten zur Geltung bringt. Die legendären Pedalsoli ("was ich mit den Händen spielen kann, kann auch mit den Füssen") verlangen einen Pedalumfang, den die meisten Orgeln damals noch gar nicht hatten. Auch Fagius muss da einige takte weglassen, weil die historische Orgel "zu wenig" Pedaltasten ;). Macht der immensen Wirkung des Werkes aber nichts aus. Es beiben dann noch mehr als genug fantastoische takte übrig.
- "dorische" Toccata (BWV 538)
Das Stück hat Bach bei einer Orgeleinweihung aufegeführt und beim Hören merkt man, warum. Bach schreibt in der Toccata genau vor, wann und wo die Manuale gewechselt werden sollen. Dadurch ergeben sich tolle Dialogeffekte. "Dorische" heisst die Toccata übrigens nur, wegen der damals üblichen Notierung der Vorzeichen, "eigentlich" ist es reines d-Moll 
Die Fugen der beiden letzten Toccaten sind auch wundervolle Musik, im "alten" Stil gehalten. Der Kontrapunktiker Bach in seinem Element.
Wenn man sich mal mit den Toccaten "angefreundet" hat, hat man mit den
Die Präludien und Fugen:
im Prinzip keine Probleme *g*
Puh, da gibt's so viele tolle! Wo anfangen? Nur ein paar Hinweise:
- 8 Kleine Präludien und Fugen
Nicht von Bach, aber wunderschön - so what? Kurz und immer wieder was neues, ideal für mal so "zwischendurch" 
- C-Dur BWV 547
Genannt "9/8" (nach dem Takt) und dementsprechend auch leichtfüssig und "heiter".
- c-Moll BWV 546
Auch im Concerto-Still, mit einem typischenvollgriffigen Orgel-Ritornell - so kennt und liebt an Orgelmusik 
- D-Dur BWV 532
Voll eines der fröhlichsten und ausgelassnsten Orgelwerke Bachs (v.a. die Fuge). Wie schon gesagt wurde: wehe dem Organisten, dem der Gaul schon am Anfang durchgeht *g*
- G-Dur BWV 550
Kurz, hat es aber in sich. Ein fröhliches und ausgelassenes Stück.
- h-Moll BWV 544 und e-Moll BWV 548
Man verzeihe, das sich diese beiden Meisterwerke zusamen erwähne. Das ist aber in beiden Fällen ganz großer Bach. Die e-Moll Fuge hat im englischsprachigen Raum den Beinamen "The Wedge" (Der Keil), weil das das virtuose Fugenthema sich tonhöhenmäßig keilförmig auseinander bewegt. Wer von diesen Stücken nicht "mitgerissen" wird...
Fantasien und Fugen
Da wäre vor allem zu nennen:
- g-Moll BWV 542)
Ein ziemlich berühmtes Stück, Bach geht harmonisch an die Grenzen des damals machbaren. Bekannt ist auch die recht muntere "Kaffeewasser-Fuge" (man kann folgenden Text drauf singen: „Das Kaffeewasser kocht / das Kaffeewasser kocht / nimm den Deckel ab / das Kaffeewasser kocht / nimm den Deckel ab / das Kaffeewasser kocht.“) Jedenfalls hat die Fuge (richtig gespielt) einen ungaublichen "drive".
Einzelwerke und "Kuriosa":
- Piece d'Orgue (Fantasie G-Dur) BWV 572
Ein ziemlich "unytpisches" Bachwerk. Dreiteilig und unglaublich spannend. Bach schriebt hier mal ein Kontra-H im Pedal vor - einen Ton die eigentlich kaum eine Orgel in Deutschland zu der Zeit hatte (und heite erst recht nicht).
- Passacaglia c-Moll BWV 582
Simply Bach at his best: Als ob 20 fantastische Variationen über einen Bass (deren Themenanfang er aus Frankreich "geklaut" hat) nicht schon genug wären, setzt Bach noch 'ne Fuge drauf, die alles toppt...
- Pastorale BWV 590
Eine Hirtenmusik, passend zur Weihnachtzeit. Einfach nur schön 
- Fuge g-Moll, BWV 578
Im Gegensatz zu der "großen" g-moll-Fuge der Fantasie die "Kleine g-Moll-Fuge" genannt. Einfach reizendes Stückchen. Kaum ein Ogelschüler kommt daran vorbei.
- Pedal Exercitium BWV 598
Eine "Pedalübung", wohl kaum von Bach (wohl von einem seiner Söhne, vielleicht gar nicht mal für Orgel (sondern für Cello). Klignt totzdem beeindruckend 
Und nun zu den choralgebundenen Werken:
Zitat
Original von Masetto
Ich habe gestern die Schübler Choräle gehört und war mit einem mal ganz begeistert davon 
Die Schübler-Choräle sind sicher ein guter Einstieg in die Choralbearbeitungswelt. Das sind wiederum keine Originalen Bachwerke, sondern umgearbeitet Kantatensätze. Also: wenn Du (oder Bekannte) die entsprechenden Kantaten auf CD haben, mal vergleichend hören - dann kapiert man die Struktur eher (weil der Choral eben samt Texte gesungen wird und man bekommt nicht nur die Melodie mit):
- Wachet auf (vgl Kantate BWV 140)
- Wo soll ich fliehen hin (Vorlage verloren)
- Wer nur den lieben Gott lässt walten (vgl. Kantate BWV 93)
- Meine Seele (vgl. Kantate BWV 10)
- Ach bleib bei uns (vgl. Kantate BWV 6)
- Kommst du nun (vgl. Kantate BWV 137)
Die großen Choralsammlungen (Leipziger Choräle, Ogelbüchlein, Clavierübung...) bieten fantastische Sachen, es ist schwer, da was bestimtmes herauszugreifen. Daher nur mal eine subjektive Auswahl, von besoders berühmten und schönen Werken:
18 Leipziger Choräle:
- An Wasserflüssen Babylon BWV 653
- Schmücke dich o liebe Seele BWV 654
- Vor deinen Thron BWV 668
Orgelbüchlein
Einfach mal durch diese Miniaturen durchhören, irgendwann gefällt einem sicher was 
- In dir ist Freude BWV 615
- Ich ruf zu dir BWV 639
Clavierübung III
- Präludium und Fuge Es-Dur, BWV 552
Wiederum Bach at his best. man geht davon aus, dass Bach hier die Trinität Gottes darstellen wollte (kräftiger, majestätischer Beginn = Gott Vater; Echos = Gottes Sohn usw.) Ebenso in der fantastischen dreiteiligen Fuge.
- Aus tiefer Not (BWV 686)
Das soll erst mal recihen 
Gruß
Karsten