Das .ape Format ist ein besseres verlustfreies Format als das .flac Format, weil es eine höhere Kompressionsrate hat. Um .ape Dateien mit Nero direkt zu brennen, läd man sich hier die entsprechende .dll runter:
http://www.bitburners.com/Nero_Audio_Plugins/
(Einfach Anleitung lesen und dem Link folgen)
Der beste CD-Ripper ist dbpoweramp (für alle außer .mp3) und für .mp3 ist es CDEx.
Die besten mobilen Abspielgeräte sind von IAudio.
Natürlich ist es kein Problem, auf so einem Gerät verschiedene Formate mitzuführen und auch zu hören, wichtig ist nur, dass der Player jedes einzelne auch unterstützt. Das Flaggschiff von IAudio, der X5, unterstützt momentan
MPEG1/2/2.5 Layer 3, WMA, OGG, ASF, FLAC,
WAV (11/22/44Khz,16Bit, MONO/STEREO),
XviD MPEG 4 Video, JPEG
Also wäre, wenn du dich für ein I-Audio entscheidest, eine wichtige Frage, ob du einen Kopfhörer hast, mit dem du die Unterschiede zwischen lossless (flac, ape, wav,etc.) und einem guten lossy-Format (ogg, mpc) hörst und auf diese auch wertlegst.
Da der I-Audio leider kein .ape unterstützt ist .flac natürlich nicht schlecht. Andererseits könntest du deine Musik für deinen mobilen Player einfach im .ogg - Format mit variabler Bitrate (ich empfehle als Mittelwert 256 kbps) mitnehmen, der Unterschied ist vorhanden aber seeehr schwach und nur mit großer Aufmerksamkeit zu bemerken (bei Klaviermusik z.B. kann ich keinen Unterschied zwischen dem besten lossy-Format .mpc auf Standardqualität und irgendeinem lossless hören, auch mit Sennheiser-Studio-Kopfhörern nicht, bei Orchestermusik und Orgel etc. höre ich kleine, schwer zu beschreibende Verluste (das Volumen fehlt dann etwas))
Die besten Soundkarten im bezahlbaren Bereich für Stereo sind von MAudio, nimm das billigste Modell, die Qualität ist gleich den sehr teuren, es hat nur weniger Aus- und Eingänge.
Ich hoffe, ich konnte etwas helfen 
EDIT: Ich hab mich noch mal schlau gemacht und herausgefunden, dass das lossless Format "optimfrog" mittlerweile etwas besser als .ape ist. Bei diesem Format wirst du aber, genauso wie bei .mpc, wohl ewig auf Hardwareunterstützung warten können. Für die Fesplattenarchivierung aber ist es sehr geeignet.